افغانستان در دوره‌ای از تاریخ کهن خود بخشی از کشور ایران بوده‌است و همین موضوع عامل وجود مشترکات فرهنگی و مذهبی فراوانی میان دو کشور است.
دین اسلام، اشتراک دیگر میان مردم ایران و افغانستان است. اکثریت جمعیت افغانستان را مسلمانان تشکیل می‌دهند و در میان مسلمانان، اکثریت با سنی مذهب‌هاست.
بسیاری از مشاهیر ادبی و تاریخی ایران‌زاده شهرهای افغانستان امروزی هستند و همین موضوع اشتراکات فرهنگی زیادی میان دو کشور به‌وجود آورده است. ازجمله این مشاهیر می‌توان به نامداران مولانا جلال الدین بلخی، خواجه عبدالله انصاری، انوری، عنصری بلخی، دقیقی بلخی، ابوریحان بیرونی، عبدالقادر بیدل، امیر علیشیر نوایی، عبدالرحمن جامی، رابعه بلخی، ناصر خسرو، سنایی غزنوی، کمال‌الدین بهزاد، ملافیض‌محمد کاتب، ابوعبید عبدالرحمن محمد جوزجانی، حمیدی بلخی و ابونصر فارابی اشاره کرد.
برگزاری جشن نوروز به‌عنوان جشن سال نو، چیدن هفت‌سین، برگزاری مراسم سنتی مشابه با چهارشنبه‌سوری، طبخ و صرف غذاهای مشابه در ایام نوروز و دید و بازدید نوروزی از تشابهات فرهنگی میان دو کشور ایران و افغانستان است.
تقویم دو کشور در دورانی که هنوز یک کشور بودند توسط سلطان جلال‌الدین ملک‌شاه سلجوقی برمبنای محاسبات دقیق نجومی، به تقویم خورشیدی تبدیل شد و تا به امروز دو کشور از همین تقویم استفاده می‌کنند.
اشتراک زبان میان دو کشور باعث شده تا محصولات ادبی و فرهنگی مشترک و محبوب زیادی میان دو کشور رد و بدل شود. خالد حسینی، عتیق رحیمی، محمد حسین محمدی، احمد مدقق، محمد آصف سلطان‌زاده و صدیقه مسعود ازجمله نویسندگان افغانستانی هستند که آثار آنها در میان ایرانی‌ها از محبوبیت زیادی برخوردار است.
از زمان جدا شدن هرات از ایران و پیوستن آن به افغانستان، میان دو کشور برسر حقاب هیرمند درگیری و نزاع وجود داشته است. اختلاف‌نظرها در نهایت در 22اسفند 1351به امضای گزارش کمیسیون دلتا، میان امیرعباس هویدا، نخست‌وزیر آن هنگام ایران و موسی شفیق، نخست‌وزیر وقت افغانستان در کابل منجر شد که براساس آن مقرر شد در هر ثانیه حدود 26مترمکعب آب، معادل 850میلیون مترمکعب در سال سهم سیستان و دریاچه هامون باشد. کاهش بارش باران در سال‌های اخیر بحث برسر حقابه از رود هیرمند را برانگیخته است، اگرچه هردو بر توافقنامه امضا شده تأکید دارند.
